Андрей Семенович Немзер родился в 1957 году, в Москве.

Окончил филологический факультет МГУ (1979) и там же защитил диссертацию о творчестве Владимира Соллогуба (1983).
В 1983—90 годах работал в журнале «Литературное обозрение». Печатается с 1979 года. До осени 1991 занимался преимущественно словесностью первой половины XIX века, подготовил и откомментировал ряд книг писателей этой эпохи (Владимир Одоевский, Соллогуб, Лермонтов, Гоголь, несколько антологий). Работа «Сии чудесные виденья...» Время и баллады В.A.Жуковского» вошла в общую с Андреем Зориным и Николаем Зубковым книгу «Свой подвиг свершив...» (М., «Книга», 1987). С 1991 года читал общий курс истории русской литературы в Российской академии театрального искусства (ГИТИС) и работал литературным обозревателем в ежедневных газетах. Статьи Немзера публиковались в журналах «Волга», «Дружба народов», «Знамя», «Новый мир» и др.
Его книги «Литературное сегодня. О русской прозе. 90-е» (М., «Новое литературное обозрение», 1998) и «Памятные даты. От Гаврилы Державина до Юрия Давыдова» (М., «Время», 2002) были заинтересованно встречены читателями и получили немало откликов.
В 1997 году Немзер стал одним из инициаторов формирования содружества литературных критиков — Академии русской современной словесности (АРСС). Входил в жюри Букеровской премии (2000) и премии имени Аполлона Григорьева (2003).

Ныне профессор кафедры словесности Государственного университета — Высшей школы экономики, обозреватель газеты «Время новостей».